京东自营和旗舰店的差别主要是京东是否重点扶持，京东旗舰店很容易开，基本只需要有自己品牌的就可以入驻开旗舰店，而且自营店的要求就多一点。
主要都是在销售量、推广费等有要求，至于是否京东仓配送这个由商家而定的，京东仓配送速度快，价格不算贵，确保每月的销量前提之下，大多数商家都会使用京东仓发货的。
作为商家来说，京东自营店的优势会比旗舰店多，其实在京东有购物经验应该会发现，大多数品类搜索后都是自营店靠前的，自营店需要保底销售量，同时平台扣点也会少一点，这是一个不错的优势，搜索权重和价格上都有一定的优势。
对于消费者来说，同一个品牌自营店和旗舰店的区别不大，一般同一个品牌不同的店铺都有不同的主推产品，这个主推产品可以说是全网最便宜的，找到心水产品后可以对比其他店铺，产品质量都是一样，不过价格会有所不同。
最后，京东自营店存在一定的门槛，不是所有商家都能达到要求，需要一定的实力才可以入驻自营店，这也保证京东平台的商家质量，给消费者带来更优质的消费体验。
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